Através da Portaria nº 37-N, de 3 de abril de 1992, o IBAMA tornou pública a lista oficial de espécies da flora brasileira ameaçada de extinção.
Dentre as espécies nativas encontradas em Irati, o pinheiro-do-Paraná (Araucaria angustifolia), a imbuia (Ocotea porosa), a sassafrás (Ocotea odorifera) e o xaxim-bugio (Dicksonia sellowiana) figuram nesta lista, entre outros motivos, pela vulnerabilidade a qual estão sujeitas as suas populações remanescentes naturais, em função das práticas de manejo adotadas no passado.
| Família | Nome Científico | Categoria |
|---|---|---|
| Lauraceae | Ocotea odorifera (Vellozo) Rohwer | em perigo |
| Araucariaceae | Araucaria angustifolia (Bertol.) Kuntze | vulnerável |
| Lauraceae | Ocotea porosa (Nees & C. Mart.) Barroso | vulnerável |
| Dicksoniaceae | Dicksonia sellowiana Hook. | extinta |
| Rosaceae | Quillaja brasiliensis (A. St.-Hil. & Tul.) Mart. | vulnerável |
| Araliaceae | Oreopanax fulvum Marchal | rara |
| Bignoniaceae | Tabebuia heptaphylla (Vell.) Toledo | rara |